2011年1月11日，深圳壹基金公益基金会在深圳宣告转型公募顺利之际，中国红十字会新闻发言人王汝鹏在官方网站公布消息称之为：北航在中国红十字会下的李连杰壹基金专项计划将中断。 王汝鹏认为，中国红十字会和李连杰先生于2007年联合提倡发动壹基金计划，三年多来，筹措捐助1.9亿多元，资助开支1.4亿多元，为增进中国公益事业的发展做出了大力贡献。 但李连杰在深圳准许注册的壹基金公益基金会是一家具备独立国家法人地位的公募基金会，它与中国红十字会没隶属于关系。
随着深圳壹基金公益基金会的正式成立，中国红十字会表示同意壹基金计划管委会明确提出的有关申请人，反对该基金会之后承传和发展壹基金的公益理念，实行和管理该基金资助的公益项目。 他认为，红十字会将根据壹基金管委会的申请人，正式成立整肃小组。
整肃已完成后，中国红十字会李连杰壹基金计划将中止实行。除了通过红十字会系统实施的项目，该基金中止前资助的公益项目，将交由深圳壹基金公益基金会之后实行和管理。 王汝鹏回应，壹基金计划实行以来，总体运营较好，社会影响力不断扩大。
中国红十字会将一如既往，之后注目和反对深圳壹基金公益基金会的身体健康发展。 李连杰壹基金计划与中国红十字总会合作，作为其架构下独立国家运作的项目，2007年4月19日在北京月启动。以壹基金名义筹得的善款全部转入中国红十字会总会的专属账户。
但原壹基金执行主席周惟彦在拒绝接受媒体专访时回应，尽管红十字会希望因应，壹基金和红十字在发展理念、体制机制中不存在冲突和有所不同（参见财新传媒《新世纪》周刊报导壹基金 中断 风波）。2008年10月，非公募基金会 上海李连杰壹基金公益基金会登记正式成立。
从2009年起，壹基金正式成立公募筹委会，实行公募申请人，但进展并不成功，壹基金公募筹委会最初在民政部申请人登记，2010年12月3日取得深圳市批准后。 目前，深圳壹基金公益基金会的法人代表由知名经济学家、北京大学国家发展研究院院长周其仁兼任，秘书长为阿拉善SEE生态协会秘书长杨鹏。
王石、马化腾、马云、冯仑、柳传志等人为理事会成员，李连杰为永久理事。
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